獸醫細菌學為獸醫學系二年級必修課程，本課程將從教授獸醫基礎細菌學(及部分人類醫學之重要細菌性疾病)與黴菌學之基本學識開始，同時著重說明重要獸醫細菌性疾病之制病原理，課程主要包括細菌介紹及其鑑定方法、動物病原菌制病機轉、細菌性疾病治療通識等範疇。實習課程部分將著重實驗室生物安全操作規範之訓練、基礎細菌之分離與鑑別實作、抗生素感受性試驗之操作、分子細菌學之實習導引等。期使獸醫系學生能具備有獸醫細菌學、致病機制學、與預防醫學基本學識之外，同時兼備分離鑑別之基本及分子生物層級之細菌學技術。